本文按顺序先后讨论我们熟悉的大纲结构、常被忽视的段落与句子结构和我们不熟悉的功能结构。掌握三个层次结构的要领，可以不再纠结于如何安排写作逻辑，从而专注于填写内容，提高写作效率和论文质量，有助于写出一篇让读者进得来、留得下并记得住的论文。
摘要、引言和结论是论文中常见的标题明晰的大纲结构。除此之外，还有一些标题比较的大纲结构，用以介绍论文的核心内容，包括方法和结果等内容。 标准的数学论文还有自己特定的要求。
摘要连同标题出现在检索系统之中，一些读者会依据摘要决定是否获取全文，论文审稿人可能依据摘要决定是否审稿。因此，摘要必须能阅读，且有效地传达论文的全部信息。
为了阅读，摘要不能包含需要翻阅论文其余部分才能明白意义的缩写语、符号和编号。例如，摘要中不能出现对参考文献按编号引用。
为了传递论文的全部信息， 一份完整的摘要包含问题陈述、动机、方法、结果和结论五个要素 (Koopman，1997)。 这五个要素不一定同等重要，需要突出最重要的一些要素。
你要解决的问题可能是别人指出的需要进一步解决的问题，或者你发现的遗留问题，或者是提出一个完全新的问题。如果问题重要，需要突出问题的介绍。你要解决的问题的重要性可能在学术界形成共识，那么就需要突出问题。
在介绍结果和结论时，强调对重要结果和结论的介绍，次要结果和结论可以在摘要中忽略。如果你有一个重要发现，那么需要强调。在摘要中最后指出你得到的结论有什么意义。
对于一些面向更多读者的综合性期刊，摘要以宽泛的问题开始，逐步收缩到你的动机、方法、结果和结论，在（摘要的）结论中又指出你的结论有什么更广泛的意义。摘要通过这种宽→窄→宽的结构，不仅能让文章传递给更广泛的读者，同时还能保持结果的可信度。
引言应包含背景、需求、任务和目标四个部分的内容（Scitable for Nature Education, 2014），让读者从这四部分内容看出你问题的来龙去脉与重要性。这种重要性可以通过强调当前知识或方法中存在的差距（空白）来强调。
引言应以宽泛的大背景开始，这样就先留住更多的读者。接着将背景收窄，指出本文关系的问题及其重要性，对这些问题解决到什么程度有什么期待。
引言最后介绍论文期望实现什么目标，为此，论文的核心部分内容是如何安排介绍顺序的（如每一节要交代什么）。
在引言中，先通过背景介绍，将读者引向主题，接着介绍相关文献，告诉读者目前的进展以及尚有哪些空白，从而引出还有什么需要进一步研究，让读者承认工作的必要性，知晓你问题的来源。接着向读者介绍你做了什么工作及其重要性。读者如果了解到了你的工作很重要，那么就会迫不及待地了解你论文的目标，即你会在论文中介绍什么且是如何安排论文的内容的。
然而，一些学科的论文，尤其是标准的数学论文，并不明显地指明什么是方法、什么是结果、什么是讨论、什么是结论。
正式内容是指用定义（definition）、引理（Lemma）、（Theorem）和推理（Corrolary）以及引理、和推理的证明等构成的内容。
声明的内容其实就是结果和结论，引理以及使用引理的的证明可以认为是方法，推论和非正式内容中的类比、例子和数学解释可以认为是讨论。
论文的核心部分的一级大纲有两种结构：规范结构和结构。一级大纲称为节（这里指期刊论文，对于学位论文和专著，一级大纲是章），二级是子节，必要时还可以安排大纲。
核心部分的一级大纲以方法、结果和讨论为标题，分别介绍方法、结果和讨论。规范结构也称为IMRaD结构，这里，I指Introduction，即引言；M指Method，即方法；R指Results，即结果；D指Discussion，即讨论。
规范结构的论文并不把总结性结论作为一级大纲放在末尾，往往放在讨论部分的最后一个二级大纲结构之中。
规范结构也有一些变体。对于方法不是主体的论文，方法可放到结果的第一部分（Mensh & Kording， 2017），这样的结构也称为IRaD结构。
统计分析表明，虽然规范结构在20世纪70年代被推崇，但即使对那些特别强调规范结构的期刊，也只有一部分论文严格采用规范结构。例如，Bertin et al（2013)针对一个时期发表在Plos One系列期刊上的论文的分析表明：
除最前面的引言和最后的结论外，结构的论文的中间部分即核心内容部分的一级大纲以解决的问题的性质作为划分依据。核心内容的一级大纲一般采用描述型标题，即指出问题的类型而不指出结论的标题。
各一级大纲的内容相互。例如，“第2节 奔跑速度与腿长的相关性分析”、“第3节 奔跑速度与体重的相关性分析”。将各节的顺序调换，稍加修改后不影响论文的写作与阅读。
各一级大纲的内容相互关联，后面的要用到前面的内容作为基础或出发点。例如，“第2节 奔跑速度与腿长相关性分析方法”、“第3节 相关性分析方法的验证”、“第4节 相关性分析方法的应用”。
规范结构其实是一种典型的型结构，因此可以当作结构的一种特定情况，其中，结果部分要用到前面的方法，讨论部分是针对前面的结果讨论。
无论是规范结构还是结构的论文，一级大纲之下的内容一般会按性质归类到二级大纲之中。此时，可以把一级大纲之下的内容也当作一篇论文一样，先在起始给出简介，即往下要交代什么，接着按规范结构或结构划分二级大纲并填写内容。
如果一个二级大纲下的内容太多，还应划分大纲，以便导读更容易。与一级大纲指出该节的主题不同，大纲可使用声明型标题，即指出结论的标题。
一级大纲无论是采用何种结构，都需要让方法、结果和讨论以某种显式或隐含的形式出现在论文的核心部分，且满足一些要求与规范。下面分别讨论如何介绍方法、结果和讨论。
一些论文包含明显的方法部分。对于结构的论文，一般不会出现以“方法“为标题的一个一级大纲。然而，无论方法部分的介绍放在什么的或者分散的，是否像数学论文那样隐藏在证明等内容之中，方法的介绍都需要包含五个要素，满足一个原则。
概述你解决问题的整体思是什么。可以是对其余四个要素的一个整体性概述。对于没有将方法作为单独一节或子节的论文，这种研究思可以在引言之中介绍。
指你使用的工具、材料、样本等。以工具为例，可以是数学方法，可以是实验设备，可以是软件工具。手段可能是现成的，也可能是改进的，还可能是自己构建的。
需要介绍你使用手段的方式如何，有什么具体步骤。手段对谁都一样，但不同的人使用手段的方式有差异，采取的步骤有差异。这些差异会导致不同的结果，因此指出你采用的方式与步骤。
如果你的研究有定量数据，那么你首先得到的是原始数据（raw data），此时，你需要介绍你处理这些数据的方法，你将如何展示这些数据。
需要说明或论证你的方法（包括思、手段和使用方式）是合理的，以此得到的结果是可靠的、有意义的。对于数学论文，这种合讨论隐含在正确的数学推理逻辑之中。
对于那些需要将方法集中在一节或者一个子节介绍的文章，方法介绍的五个要素的后四个可以用合适的子标题区分，而研究思可以放在最前面作为概述。
方法的介绍要让读者认识到你得到结果的方式是科学的，你使用方法的方式是规范的、透明的、可以借鉴的，你得到的结果是可靠的、可信的、可重复的。
需要再次声明的是，对于一些数学论文，思、手段、步骤和合等以某种方式隐含在规范的可重复的推导过程之中，不需要按上述方式来分类介绍。
你的结果可以是发现了什么现象、得到了什么规律、验证了什么、纠正了什么认识、给出了什么知识。对于大多数论文，你得到的结果是原始结果，甚至是大量的结果。需要对结果进行筛选、凝练和组织。
挑选那些有意义的、值得讨论的、可以总结出规律的、反映原创的结果。需要注意的是，如果你在检验一个方法的优劣，则不能通过去掉差的结果来说明方法优越。对于结论也有类似要求，不能去掉那些不支持结论的结果来论证结论的合。
通过提炼、归纳和重新表述等方式凝练结果。对于数据类结果，特别少时在文字中介绍，较多时放在表格中，非常多的数据用图形展示。论文不能包含太多的结果，在结果较多时，应进行合理归类，减少表面上的结果的数目。例如，对于数学类论文，重要结果可浓缩在之中。
将结果进行合理的归类并按合理的逻辑顺序，用客观的语气表述。合理的逻辑顺序包括：由前到后的顺序、由次要到重要的顺序、承前启后的顺序、由浅入深的顺序、由基础到应用的顺序、由原因到结果的顺序。读者一般能记住开头或者末尾的结果，因此，最重要的结果要么放在前面，要么放在后面。
相比于前人的工作，你的结果可能是全新的、别人没有的结果。也可以是对前人结果的验证、补充或者纠正。
然而，不是所有情况下，验证别人的结果都值得发表。只有那些具有重大意义的，需要多条途径验证的结果才值得发表。例如，前人从气候测量数据得到了全球在变暖的结果，你可能从气象模型用计算机模型得到了同样的结果，于是你的结果佐证并支持了别人的结果，从而值得发表。一些重大发现也是如此，也可能需要进一步的验证工作。
读者看到了你的结果，很快就会期待你将从结果中讨论出什么有价值的结论。当然，任何结果都不一定完美和面面俱到，读者还期待你讨论不足。
对于规范结构的论文，结果和讨论被分割在前后相邻的两节。此时，在结果部分只是单纯地陈述结果，在讨论一节再对结果进行讨论。由于讨论离结果较远，因此每一处的讨论都应说明是针对前面的哪项或哪几项结果进行讨论。
对于结构的论文，一般紧接着每一项结果进行讨论。如果一些结果有共同点，或者关联起来后能给出新的结论，那么还需要介绍完这些结果和单一结果的讨论后，对这些结果之间的共同点与关系进行综合讨论。
但不是针对每一项结果都需要进行面面俱到的讨论。如果一项结果的意义十分明了，那么就不需要讨论。例如，一些数学给出了严格的数学证明。如果这个本身意义明确，或者在前面就已经交代了其意义，那么一般不需要再额外讨论。
方法和结果是客观的，讨论则是主观的，带有自己的思考。虽然讨论是主观的，但讨论是一种分析，讨论过程需要遵循严密的逻辑。专业知识的掌握程度会决定讨论的深度。
讨论的10个方面不是说要面面俱到，哪些方面值得讨论就讨论哪些方面，哪个方面重要就重点讨论。以上10个方面要达到什么程度，与你的具体问题有关。在对结果进行解释时，你的解释要达到这样的程度，让读者很容易理解你的意思，而不要让读者需要自己进行进一步推理才能理解你的意思。比如，你表述两个数量的差异时，不要让读者还需要自己计算才能理解你要说什么。
举例而言，应将“男人的平均身高是1.75米，女人的平均身高是1.68米，由此不难看出，男人比女人的平均身高高出百分之多少”改写成“男人的平均身高是1.75米，女人的平均身高是1.68米，因此，男人比女人的平均身高高出约4%”。
在介绍结果时，可能讨论出了一些结论。例如，如果你的观测结果是全球平均气温在一年年增加，那么你就得到了全球在变暖的结论。一些数学论文中证明的数学本身就是结论。而这里所说的结论，是指论文末尾的总结性结论，往往以结论（conclusion）或总结（summary）为标题。 那么，论文末尾的结论或总结有什么要求呢？
读者如果阅读了论文的核心部分，尤其详细阅读了方法、结果与讨论，那么有可能被太多的细节困住了，最后会迷失你的要点。于是，为了让被细节困住的读者走出核心部分，需要进入结论或总结部分来掌握要点。
对于规范结构的论文，可以在讨论的末尾给出一个以结论为标题的子节。对于结构的论文，可以把结论或总结作为最后的一个一级大纲内容。
你的重要结论的数目应该被限定，不要超过3条，因为读者的记忆是有限的。哪怕是符号、术语与颜色等这种更好记忆的东西，一次也就能记忆7条左右。
对比结论与摘要的要求，我们看出，摘要与结论有重叠的地方，但也有不同的要求。因此，不能简单拷贝结论以作为你的摘要。
段落是论文的基石，各级大纲下的内容由段落组成。一个段落由一个或一组句子组成。为了合理组建段落，首先需要掌握段落分类的知识，接着需要让构成段落的句子以及构成句子的词汇和其它非文字类元素满足规范的写作要求。
段落可以分为正式段落和非正式段落两大类。正式段落是那些与研究密切相关的专业级别的内容。非正式段落则是一些铺垫性内容。
用非正式段落对全文进行组织、完成不同内容的过渡，能起到缓冲作用，既让读者得到休息，又让读者失方向。这如同表演节目，需要一些人引导观众、需要节目主持人规划、播报和推出节目和扇动观众。如果从头到尾只有正式演员们一个接一个不停歇地表演，观众就会迷失、缺乏。
下面只讨论正式段落。口述小姑两瓣湿乎乎正式段落按作用可以分成段落、主题段落、数学段落和图表段落四种基本类型。
段落往往是一个简短的句子。通过段落可以顺利完成一些不同主题或论点的重要段落之间的过渡与衔接。例如，
还可以采用段落来指出接下的知识内容的归宿。按归宿，内容可以分为通用知识、他人的原创知识和自己的贡献三种类别。
他人的原创知识经历了久远的年代并被普遍采纳和使用后，便可以当作通用知识介绍。例如，人是智慧生物、水的沸点温度是100摄氏度、物体静止在液体中的受力由浮力定律给出、直角三角形的三个边长满足勾股定律等，均是通用知识。可以用“现在介绍我们所熟悉的一些知识”来启动对通用知识的介绍。通用知识不需要引用文献。
近期由他人原创获得且并未被大众了解的知识应归类到他人的原创知识。可以用“人们对X开展了一些研究”、“现在介绍前人的一些论点”或相似段落来介绍他人的原创知识。他人的原创知识需要引用或引述。
读者更关注你得到的原创内容。可以用“现在介绍我们得到的结果”、“下面给出我们使用的方法”、“现在讨论我们得到的结果”之类的语句启动对自己的贡献的介绍。
如果不适用这类段落来指出内容的归属，论文读起来就会像介绍经典知识的教科书，读者就会混淆你的贡献和别人的贡献。当然，语句的数量不能太多。
主题段落是组成一个单元且以某个主题或论点为中心的一组句子，拥有指出主题和论点的主题语句、支持论点的内容以及结论。你在介绍你得到的结果和论点时，应尽可能采用主题段落。稍后介绍主题段落的要求与进一步分类。
如果一个主题或论点需要从多个方面论述，那么作为单一段落来介绍会显得太长。此时，可以采用组合段落，即将这部分内容肢解成一组小的段落，每一个小的段落可称为子段落。下面要介绍的证明段落其实也是一种组合段落。
一般情况下，组合段落可以这样组织：第一个子段落包含主题语句，并指出余下的子段落的安排。余下的子段落并不需要主题语句。最后一个子段可以是结论，并包含一个收尾语句，表示组合段落的结束。
一些数学论文包含了特定形式的数学段落。常见的数学段落是引理、、推论和证明（Reiter 1995）：
引理是一个段落，以“引理”（Lemma）作为起始标签。如果有一系列引理，应遵循线性写作原则，即前后引理的复杂程度越来越高。
推论是一个段落，以“推论”（Corollary）作为起始标签。 如果有一系列推论，应遵循线性写作原则，即前后推论的复杂程度越来越高。
无论引理、还是推论，它们的证明则是一个可长可短的段落或段落群，证明过程可能包含大量的数学符号与公式，交叉引用前面的引理或。证明以“证明”（proof）作为起始标签，证明结束的地方往往有一个终止符。
除此之外，一些数学论文还会出现定义（definition）和假设（assumption）等段落，分别以“定义”和“假设”作为起始标签。
定义、假设、引理、和推论一般只是一个段落。如果一个这样的段落包含几条内容，则以条目形式排列这些内容。
证明段落有一些特殊要求。如果证明过程太长，那么可以把其中的一部分作为引理放在前面。如果多个证明包含有相同的内容，这些相同的内容也应该放到前面的引理之中。如果证明有太多的细节，那么把一些细节放到附录之中。一般情况下，一个证明包含许多小的段落，因此可以认为是一个组合段落。
包含一定数目的数学符号和公式的数学段落，不仅要求表述严谨、满足数学逻辑，而且要求展示数学之美。证明过程既要求详尽，又不能啰嗦（Reiter 1995）。
图形以及图形下方的题注（也称为图注）是一种特有的段落，以浮动方式出现在正文中首次引用的当页或者下一页。图形太多时，可能浮动到更远的页码。
题注以“图”（Fig）作为起始标签，标签接图的编号，用于在正文中交叉引用。起始标签与编号之右，是图形的标题，如“全球平均气温随年代的变化规律”。如果图形包含若干子图，还需要给每一幅子图以短标题。
得到图形的条件以及图形的一些特征的描述，视情况可以出现在题注中，也可以出现在正文中。一般情况下，一个图形段落要求精巧，只有1-3行字，其中的标题是短语。
表格及其题注（表注）也有类似的要求。不同的是，表的题注一般在表格上方，但也有例外的情况，个别期刊要求表的题注属于表格的一部分，放在表格的底部。
一般情况下将主题语句放在段落的开始。例如，“蜜蜂筑穴的高效性是通过协同工作来实现的”就是这样一个主题语句。又如，“我们可以将论文划分为三个层次来理解闭环写作”包含了主题“闭环写作”以及论点“划分为三个层次”。
主题段落可以按内容的性质分成五种基本类型：分类型、故事型、与说明型、对比与比较型和关系型。
a.构成主题段落的句子。对于主题段落，段内的句子所包含的信息只与本段落的主题与论点有关，不能出现与本段落主题无关的句子。
c.句子长度受限于呼吸。即使只包含一件事情，一个句子不能太长。一个句子应能一口气念完。成年人一次呼吸的时间是3-5秒。英语科学写作中，一句线个单词，如果按一个英语单词平均为5/3个汉字计算，折合成汉字大概是24个汉字。
d.句子意义的转折应通过过渡语气词提示。例如，“从凌晨开始，气温逐渐增高，这是因为太阳光需要穿透的大气层越来越薄了。然而，从中午开始，气温又开始下降”。这里的“然而“提示了意思有转折。 又如，“登山运动可以锻炼我们的心肺功能。同理，长跑也可以锻炼我们的心肺功能”。这里的“同理“表示其它情况的出现，但作用一样。虽然如此，过渡语气词也不能。
e.夹带符号的句子应满足可读性原则。如果一个句子夹带符号与数学公式，那么需要满足可读性原则，即符号与公式虽然夹在文字中，但如果把符号与公式当作术语，整个句子读起来是语法正确、标点符号正确的句子。除此之外，一句话不能以符号开始。例如，紧接着句号后不能出现“x表示横坐标”，而应写成“横坐标用x表示”。
f.对于不同内容使用不同语气。描述你的方法，陈述你的结果，论述你的结论。方法和结果是客观的，避免使用主观词汇。采用论述口气讨论时，应能看得出你在用逻辑思维进行推理与论证。
g.注意不同来源的论点的语气。除非使用了前面介绍的段落来声明论点的归宿，否则需要明确宣示论点是自己的、别人的还是常识。不能采用教科书式的流水线语气介绍自己的论点和别人的论点，否则读者容易混淆哪些是你的论点、哪些是别人的。
麦金太尔提出的清晰度特别强调构成句子的词汇的使用（McIntyre， 1997）。为了清晰地表达句子的意思和避免，需要注意如下几点。
一些专业术语不一定为大多数读者所熟悉，因此需要解释。 尤其同一个术语在不同领域有不同意义时，应指出你是指哪个意思。例如，“我们这里指的射线，是指一种粒子流，不要与数学上带单向箭头的线段混淆”就指明了你这里的“射线”代表了什么意思。
应尽可能减少缩写语的使用。必要时，必须对你的缩写语代表什么进行说明。例如，你认为PDF代表了probability density function, 但许多读者却会为你指文档的pdf格式，除非你说明。即使在论文开始部分有说明，在较远的地方出现时应进一步指出在什么地方有说明。
即使你所在的学术圈子熟悉了一个符号的意义，但别的方面的读者一般不熟悉，因此必须给出说明。 对于特定意义的符号，必须用人们普遍使用的符号表示。
最含糊的用词是“它”、“这些”和“以上”等代词。不熟悉问题的读者其实搞不清这个代词是指前面一句话的最后一个名词，还是前面一句话，甚至是前面一段话。尽量用名词或名词短语的清晰重复来代替代词。
对同一事物使用相同的术语，对相似或可比的事物使用相似的术语，对不同的事物使用不同的术语。例如，“小石子落在湖面会产生涟漪，小雨滴落在湖面也会产生波浪”应改为“小石子落在湖面会产生涟漪，小雨滴落在湖面也会产生涟漪”。
没有单位的数据是没有意义的。单位有一些基本要求。例如，单位的符号要求用正体，单位与数字之间留空格等。单位的使用应使得数字最短、数值最小且最容易记忆。例如，你介绍卫星的过顶时间时，用秒表示单位则数值太大，用光年表示则数值太小，应以分作为单位，如“卫星过顶时间为15分钟”。尽可能采用直观的单位。例如，你在做科学计算时，用的是弧度单位，但表述结果时，应改为度作为单位，因为度比弧度更直观。
英语拥有定冠词、单复数和时态等对你要表达的特定意思进行限定。如果是中文，那么需要添加必要的限定词实现同样的效果，哪怕显得很啰嗦。
论文的结构可以按功能归为三个模块，分别是引导模块、核心模块和总结模块。分成这样三个模块，了解每一类的作用，有助于对论文进行顶层设计，让写作闭环，得到一篇让读者进得来、留得下和记得住的论文。
需要指出的是，论文并不出现以引导模块、核心模块和总结模块为标题的大纲结构，这只是一种功能级的划分。
通过有效组织和讨论论文的方法、获得的结果和形成的结论，让一般读者觉得问题一步步得到了解决，让那些会参考你论文的读者能掌握和使用你用到的方法、归纳的结果和推理出的结论。
通过归纳论文的要点，让那些被核心部分的细节困扰的读者能迅速走出核心，并掌握要领，记住一些重要结论。
如果按三大模块应起的作用统筹论文的大纲结构以及段落与句子结构，那么就可以专注于填写内容，提高论文写作效率。读者也因为习惯了这种规范的逻辑结构，因此不会被不规范的写作思绊住，他们会专注于内容的阅读。
写作过程中，按本文第一部分介绍的要求布局大纲结构，按本文第二部分介绍的要求填写段落与句子结构，最后检查第一层次功能是否满足要求。如果不满足要求，则反过来完善和修改第二层次和第三层次结构，直至到最后的版本。这就是闭环写作概念。
然而，如果单纯从写作上实现不了这种闭环，则预示论文工作的质量尚未达到要求。巧妇难为无米之炊。
于是，通过闭环写作的检查，可以反过来发现哪些工作有不足，以便补充和提高研究工作本身。研究工作到位后，按闭环写作逻辑，让论文的各部分各司其职，整体上使读者进得来、留得下和记得住。
当然，不管你论文的内容有多重要，你论文的写作有多规范，你首先要吸引读者来看你的论文。靠什么来第一时间吸引读者呢？靠标题。
可见，标题必须在最后创作，因为那时你拥有了足够的素材提炼标题。最后推出的标题，会让读者最先看到。仅凭你的标题，会让读者对你的论文动心吗？
从论文的标题，要么想看到你面对的是什么重要问题、要么想看到你得出了什么重要结论、要么想看到你在质疑什么。为此，标题有三种基本类型（Jamali & Nikzad，2011），以满足读者的这些好奇心：
如果你的问题重要，那么用描述型标题。如果你的结论重要，那么用声明型标题。如果一类问题有较普遍的意义且众多研究结果相互冲突，需要评述，那么用提问型标题。
论文涉及的问题或结论表面上很多，应凝练出一条具有高度概括性的“单一问题”或“单一结论”标题，让标题聚焦于一条信息（Mensh & Kording， 2017）。有的论文采用加冒号的复合标题来强调最主要的信息。
只有标题打动了作者，你才有机会让读者看你的摘要，进一步，下载并阅读你的论文引言。做到这点，就表明你的论文满足了“让读者进得来”的要求。
如果从你的引言了解到论文很重要，那么读者就会阅读你论文的核心部分内容，包括方法和结果等内容。如果这样，你就把读者留下了。
最后，读者可能被你核心部分的内容捆住了，因为要点被分散在大量的描述之中。让读者读完你的文章，总得给人留下记忆吧。
需要记忆的是要点，应在总结部分介绍。如果你较好地提炼了要点，那么就起到了让读者记得住的作用。
以这样的方式确文的最高目标，如同宾客。你会问：他会来吗？如果来了，他会住下吗？走了后他还会记得你吗？